よくあるご質問(FAQ)

遺伝子受託解析サービスに関連するよくある質問をまとめております。

次世代シーケンス解析

サンプルについて

  • Q.サンプルは何に溶解すればよいか?

    A.ヌクレアーゼフリー水に溶解ください。DNAの場合はTEでも可能ですが、EDTA濃度が低い(0.1mM)ものを使用ください。またエタ沈状態のサンプルについても、お預かりは基本的にお断りしていますので、ご了承ください。

  • Q.サンプルの定量方法は?

    A.Pico greenやQubit蛍光光度計での定量が必要になります。NanoDropなどの吸光高度計は核酸全体の濃度が定量の対象になってしまうため、定量値が過大評価される恐れがあります。分光法で定量いただいたサンプルはQC結果で量不足と判定されるリスクがあるため、サンプル量に余裕をもって送付ください。

  • Q.品質の良くないサンプルしか持ち合わせていないが、解析は可能か?

    A.イルミナ社のDNAリシーケンス解析の場合には、微量解析用のプロトコールを使用することで解析が可能な場合があります。ただし増幅バイアスがかかるなど、通常プロトコールより解析の精度が落ちる可能性があります。

  • Q.サンプルの返却は可能か?

    A.有償で対応いたします。ただし解析終了後3か月後に廃棄されます。

サービスについて

  • Q.解析のキャンセルは可能か?

    A.可能ですが、すでにサンプルチェックやライブラリ調製に取り掛かっている場合には、作業実費を請求します。

  • Q.使用しているシーケンサーは?

    A.イルミナ社のNovaSeq6000/HiSeqX/HiSeq4000/MiSeq、パシフィックバイオサイエンス社のPacBio RSII/PacBio Sequelを使用します。ご希望の解析内容に応じて、機種・シーケンス解析仕様を選択します。

  • Q.チェック工程にはどのような項目がある?

    A.初期チェックとしてサンプル量と品質の確認を行います。解析工程ではライブラリの収量・サイズを検査し、問題が無いことを確認した上でシーケンス解析に進めます。

  • Q.解析の方法は?

    A.レーン(ラン)単位での解析と、他のお客様との相乗り解析の2通りを選択できます。数検体でのご依頼の場合には相乗り解析の方がリーズナブルに解析することができます。検体数が多くなる場合にはレーン単位での解析が安くなる場合があります。また特殊な解析をする場合には、レーン単位での依頼が必要になります。
    ※PacBioシーケンサーで+相乗り解析はできません

  • Q.納品データは?

    A.ハードディスクもしくはUSBメモリにてお届けします。FASTQファイル、解析データ(ご依頼の場合)、初期チェック結果、解析報告書(PDFファイル)が含まれています。

マイクロアレイ解析(遺伝子発現)

RNAサンプルについて

  • Q.推奨するTotal RNAの調製方法は?

    A.対象試料の種類に応じて市販のフェノール試薬(TRIzolやISOGENなど)またはスピンカラムキット(RNeasyなど)をご利用ください。フェノール試薬の場合、total RNA抽出後、スピンカラムキットを用いて精製することをお奨めします。フェノール試薬による抽出のみでは、RNAサンプル溶液中に有機溶媒が残存するとマイクロアレイ解析に影響する恐れがあります。

  • Q.サンプルが規定量に満たない場合はどうすればいい?

    A.当社までご相談ください。カタログにはサンプルチェックや予備解析使用量を含んだ余裕をもった量を記載しています。そのためカタログ記載量に満たない場合でも、通常の解析をお受けすることが可能な場合もあります。

  • Q.サンプルが規定濃度・純度に満たない場合はどうすればいい?

    A.カラムによる精製をお試しください。この作業でも改善が見られない、或いはサンプル量が少なく精製によるロスが懸念される場合は当社までご相談ください。お手持ちのサンプルでも対応させていただける場合もあります。

  • Q.サンプルは何に溶解すればよいか?

    A.ヌクレアーゼフリー水に溶解ください。DEPC水への溶解は避けてください。またエタ沈状態のサンプルについても、お預かりは基本的にお断りしていますので、ご了承ください。

  • Q.DNase処理は必要か?

    A.ご利用のRNA分離用試薬、またはキットの取扱説明書の記載に従ってDNase処理を行ってください。

  • Q.規定量に必要なRNAを確保するのに用いる細胞・組織量はどれくらいか?

    A.細胞・組織によって異なります。RNA抽出サービスのページを参照ください。

  • Q.RNAlaterの使用は可能か?

    A.可能です。組織を保護剤に浸漬して一晩保存した後、保管する期間に応じて冷蔵、冷凍保存を選択してください。詳しくは各製品の取扱い説明書をご覧ください。

サービスについて

  • Q.使用しているDNAマイクロアレイ(DNAチップ)は?

    A.サーモフィッシャーサイエンティフィック社、アジレント社が販売するDNAマイクロアレイを使用しています。マイクロアレイの詳細は、各社ホームページにてご覧いただけます。

  • Q.搭載されている遺伝子は?

    A.遺伝子数は「製品リスト」のページをご覧ください。具体的な遺伝子リストは各社ホームページからダウンロードしていただけます。

  • Q.納品データは?

    A.CD-ROM(もしくはDVD)に収め、当社開発のTranscripome Viewer形式にてお届けします。Viewerには各サンプルのデータはもちろん、サンプル間の比較解析データも含まれています。特長・用途のページにも記載がありますので、ご参照ください。

  • Q.Transcriptome Viewerでは何が可能か?

    A.任意のサンプル間の比較(統計解析含む)、発現変動の見られる遺伝子の抽出、特定遺伝子の抽出、GOを活用した機能分類、スキャタープロット・クラスタリング図の描画など、データ解析をサポートする各種機能が搭載されています。使用期限もありませんので、ご都合のよい時間と場所でデータ解析を行なっていただけます。またMacでの利用も可能です。

  • Q.チェック工程にはどのような項目がある?

    A.初期チェックとしてご提供サンプルの純度と品質の確認を行います。解析工程では蛍光標識ターゲット(cRNA) の合成収量を検査し、ハイブリダイゼーション後に各種コントロールプローブのシグナル、バックグラウンドの均一性を確認し、データ品質と解析作業の適正性を評価します。

データ解析について

  • Q.データマイニングは対応可能か?

    A.一般的な内容であれば標準納品データ(専用Viewer)によって実施する事が可能です。群間比較解析、クラスタリング、GO解析などはデータマイニングサービス(オプション)をご利用いただけます。

  • Q.追加サンプルの解析は可能か?

    A.可能です。追加サンプルの解析のご依頼時に、比較をご希望されるサンプル名もしくはクラボウ管理番号をご連絡ください。ただし厳密に実験条件を揃える際には、全てのサンプルを同時に解析されることをお奨めします。

  • Q.クラボウ以外で解析したデータとの比較は可能か?

    A.当社までご相談ください。データフォーマット・補正方法などを確認させていただき、対応可能かどうか判断させていただきます。

マイクロアレイ解析(miRNA)

  • Q.どのようなサンプルを提供すれば良いですか。
    A.

    標準サービスではtotal RNAサンプルをご提供ください。オプションサービスのご利用で、細胞・組織サンプルからのRNA抽出を承ります。Total RNAは、以下の方法を推奨します。

    • mirVanaTM; miRNA Isolation Kit (サーモフィッシャーサイエンティフィック)
    • miRNeasy Mini Kit (キアゲン)
    • TRIzol® reagent* (サーモフィッシャーサイエンティフィック)

    *オーバーナイトでのイソプロパノール沈殿が必要です。

  • Q.サンプルの定量方法は?

    A.Pico greenやQubit蛍光光度計での定量が必要になります。NanoDropなどの吸光高度計は核酸全体の濃度が定量の対象になってしまうため、定量値が過大評価される恐れがあります。分光法で定量いただいたサンプルはQC結果で量不足と判定されるリスクがあるため、サンプル量に余裕をもって送付ください。

リアルタイムPCR(スタンダード)

  • Q.推奨するTotal RNAの調製方法は?

    A.対象試料の種類に応じて市販のフェノール試薬(TRIzolやISOGENなど)またはスピンカラムキット(RNeasyなど)をご利用ください。フェノール試薬の場合、total RNA抽出後、スピンカラムキットを用いて精製することをお奨めします。フェノール試薬による抽出のみでは、RNAサンプル溶液中に有機溶媒が残存するとリアルタイムPCR解析に影響する恐れがあります。

  • Q.サンプルが規定量に満たない場合はどうすればいい?

    A.当社までご相談ください。カタログにはサンプルチェックや予備解析使用量を含んだ余裕をもった量を記載しています。そのためカタログ記載量に満たない場合でも、通常の解析をお受けすることが可能な場合もあります。また解析に用いる量を減らすことで、わずかなサンプルでの解析にも対応させていただけます。

  • Q.サンプルが規定濃度・純度に満たない場合はどうすればいい?

    A.カラムによる精製をお試しください。この作業でも改善が見られない、或いはサンプル量が少なく精製によるロスが懸念される場合は当社までご相談ください。お手持ちのサンプルでも対応させていただける場合もあります。

  • Q.サンプルは何に溶解すればよいか?

    A.ヌクレアーゼフリー水に溶解ください。DEPC水への溶解は避けてください。またエタ沈状態のサンプルについても、お預かりは基本的にお断りしていますので、ご了承ください。

  • Q.DNase処理は必要か?

    A.DNAの混入はリアルタイムPCR反応に大きな影響を与えます。良質のデータを得るためにDNase処理することをお奨めします。 

  • Q.規定量に必要なRNAを確保するのに用いる細胞・組織量はどれくらいか?

    A.細胞・組織によって異なります。RNA抽出サービスのページを参照ください。

  • Q.RNAlaterの使用は可能か?

    A.可能です。組織を保護剤に浸漬して一晩保存した後、保管する期間に応じて冷蔵、冷凍保存を選択してください。詳しくは各製品の取扱い説明書をご覧ください。

サービスについて

  • Q.使用している解析方法は?

    A.TaqMan® Probe法(基本原理は蛍光プローブ法)を採用しています。

  • Q.対応する生物種は?

    A.ウシ・モルモット・ニワトリ・イヌ・ウマ・ウサギ・ブタ・アカゲザル・コムギ・ブドウ・アフリカツメガエル・ダイズです。

  • Q.価格は?

    A.解析する遺伝子数、検体数によって価格が異なります。小スケールの場合は本ウェブサイトの価格欄をご確認ください。それ以外の条件の場合は、弊社までお問い合わせ下さい。

  • Q.納期は?

    A.サンプルをお預かり後、2-3週間です。ただし作業途中のQCを通過しない場合などは、別途日数を要します。

  • Q.QCを通過しない場合の価格は?

    A.初期チェックは無償にて対応させていただいています。初期チェックを通過し、その後の作業に進んだ場合は、作業実費が発生することがあります。

  • Q.納品データは?

    A.CD-ROM(もしくはDVD)に収め、エクセルファイル形式にてお届けします。各サンプルのLaw Data、補正データ(⊿Ct値)が含まれています。

リアルタイムPCR(スクリーニング 遺伝子)

RNAサンプルについて

  • Q.推奨するTotal RNAの調製方法は?

    A.対象試料の種類に応じて市販のフェノール試薬(TRIzolやISOGENなど)またはスピンカラムキット(RNeasyなど)をご利用ください。フェノール試薬の場合、total RNA抽出後、スピンカラムキットを用いて精製することをお奨めします。フェノール試薬による抽出のみでは、RNAサンプル溶液中に有機溶媒が残存するとリアルタイムPCR解析に影響する恐れがあります。

  • Q.サンプルが規定量に満たない場合はどうすればいい?

    A.当社までご相談ください。カタログにはサンプルチェックや予備解析使用量を含んだ余裕をもった量を記載しています。そのためカタログ記載量に満たない場合でも、通常の解析をお受けすることが可能な場合もあります。

  • Q.サンプルが規定濃度・純度に満たない場合はどうすればいい?

    A.カラムによる精製をお試しください。この作業でも改善が見られない、或いはサンプル量が少なく精製によるロスが懸念される場合は当社までご相談ください。お手持ちのサンプルでも対応させていただける場合もあります。

  • Q.サンプルは何に溶解すればよいか?

    A.ヌクレアーゼフリー水に溶解ください。DEPC水への溶解は避けてください。またエタ沈状態のサンプルについても、お預かりは基本的にお断りしていますので、ご了承ください。

  • Q.DNase処理は必要か?

    A.DNAの混入はリアルタイムPCR反応に大きな影響を与えます。良質のデータを得るためにDNase処理することをお奨めします。

  • Q.規定量に必要なRNAを確保するのに用いる細胞・組織量はどれくらいか?

    A.細胞・組織によって異なります。RNA抽出サービスのページを参照ください。

  • Q.RNAlaterの使用は可能か?

    A.可能です。組織を保護剤に浸漬して一晩保存した後、保管する期間に応じて冷蔵、冷凍保存を選択してください。詳しくは各製品の取扱い説明書をご覧ください。

サービスについて

  • Q.リアルタイムPCRにて使用している解析法は?

    A. RT2 ProfilerTM PCR ArrayはSYBR® Green法を、TaqMan Array Gene Signature PlateはTaqMan® Probe法を採用しています。

  • Q.遺伝子テーマ(セット)を検索する方法は?

    A.下記の製品リンクよりご確認いただけます。
    PCR Array  TaqMan Array Plates/Cards

  • Q.価格は?

    A.アレイの種類およびサンプル数をお知らせください。その後、御見積りさせていただきます。

  • Q.納期は?

    A.サンプルをお預かり後、3-4週間です。ただし作業途中のQCを通過しない場合などは、別途日数を要します。

  • Q.QCを通過しない場合の価格は?

    A.初期チェックは無償にて対応させていただいています。初期チェックを通過し、その後の作業に進んだ場合は、作業実費が発生することがあります。

  • Q.納品データは?

    A.CD-ROM(もしくはDVD)に収め、エクセル形式にてお届けします。PCRアレイ製品の解析結果は、キアゲン社のウェブサイトにてデータ解析サイトが用意されておりますので、そちらをお使いいただけます。

リアルタイムPCR(スクリーニング miRNA)

RNAサンプルについて

  • Q.推奨するTotal RNAの調製方法は?

    A.miScript miRNA PCR Arrayをご利用の場合はmiRNeasy Mini Kit (キアゲン)、TaqMan® Array MicroRNA Cardをご利用の場合はmirVanaTM miRNA Isolation Kit (サーモフィッシャ-サイエンティフィック)をお使い下さい。

  • Q.サンプルが規定量に満たない場合はどうすればいい?

    A.当社までご相談ください。カタログにはサンプルチェックや予備解析使用量を含んだ余裕をもった量を記載しています。そのためカタログ記載量に満たない場合でも、通常の解析をお受けすることが可能な場合もあります。

  • Q.サンプルが規定濃度・純度に満たない場合はどうすればいい?

    A.当社までご相談ください。お手持ちのサンプルでも対応させていただける場合もあります。

  • Q.サンプルは何に溶解すればよいか?

    A.ヌクレアーゼフリー水に溶解ください。DEPC水への溶解は避けてください。

  • Q.DNase処理は必要か?

    A.必要ありません。

  • Q.規定量に必要なRNAを確保するのに用いる細胞・組織量はどれくらいか?

    A.細胞・組織によって異なります。RNA抽出サービスのページを参照ください。

  • Q.RNAlaterの使用は可能か?

    A.可能です。組織を保護剤に浸漬して一晩保存した後、保管する期間に応じて冷蔵、冷凍保存を選択してください。詳しくは各製品の取扱い説明書をご覧ください。

サービスについて

  • Q.リアルタイムPCRにて使用している解析法は?

    A. miScript miRNA PCR ArrayはSYBR® Green法を、TaqMan Array miRNA Signature CardはTaqMan® Probe法を採用しています。

  • Q.miRNAセットを検索する方法は?

    A.下記の製品リンクよりご確認いただけます。
    miScript miRNA PCR Array  TaqMan Array MicroRNA Card

  • Q.価格は?

    A.アレイの種類およびサンプル数をお知らせください。その後、御見積りさせていただきます。

  • Q.納期は?

    A.サンプルをお預かり後、3-4週間です。ただし作業途中のQCを通過しない場合などは、別途日数を要します。

  • Q.QCを通過しない場合の価格は?

    A.初期チェックの再実施は3,000円/検体となります。初期チェックを通過し、その後の作業に進んだ場合は、作業実費が発生することがあります。

  • Q.納品データは?

    A.CD-ROM(もしくはDVD)に収め、エクセル形式にてお届けします。PCRアレイ製品の解析結果は、キアゲン社のウェブサイトにてデータ解析サイトが用意されておりますので、そちらをお使いいただけます。

核酸抽出

  • Q.必要な組織・細胞量は?

    A.組織・細胞種によって異なります。いくつかの組織・細胞についてはホームページ上のカタログPDFにてご覧いただけます。

  • Q.組織・細胞量が推奨量に満たない場合はどうすればよい?

    A.当社までご相談ください。

  • Q.推奨量よりも多い量の組織・細胞を送付しても大丈夫か?

    A.問題ありませんが、可能であれば、複数のチューブに分割して送付いただけると助かります。

  • Q.推奨する組織・細胞の回収・保存方法は?
    A.
    ■組織の場合:
    氷上にて組織を摘出後、すみやかに重量を測定し、30~500mg 相当を切り分けます。切り分けた組織を素早く液体窒素に投入し、冷凍保存ください。
    ■浮遊細胞の場合:
    遠心にて細胞を回収し、PBS で再懸濁して洗浄します。再度、遠心を行い、できる限り上清を除き、集めた細胞を液体窒素で凍結保存ください。
    ■付着細胞の場合:
    方法① PBS で洗浄後、スクレーパーなどで細胞を掻き取ります。懸濁液をチューブに移して遠心し、上清を除いた後、液体窒素に投入して凍結保存ください。
    方法② PBSで洗浄後、RNA抽出用の細胞溶解試薬を培養ディッシュ/プレートに直接添加し、溶解液をマイクロチューブに回収、凍結保存ください。
  • Q.RNAlaterの使用は可能か?

    A.可能です。組織を保護剤に浸漬して一晩保存した後、保管する期間に応じて冷蔵、冷凍保存を選択してください。詳しくは各製品の取扱い説明書をご覧ください。

  • Q.TRIzolなどの細胞溶解液でも依頼は可能か?

    A.可能です。冷凍状態の細胞溶解液をご提供ください。溶解したおおよその細胞数をお知らせください。

  • Q.どのように核酸を調製するのか?
    A.
    RNA: TRIzolによるTotal RNA抽出後、QIAGEN社カラムキットによる精製の2ステップにて行なっています。サンプル種によっては抽出方法を変更することがあります。
    DNA: サンプル種・数に応じて適切な抽出方法を選択します。
  • Q.抽出した核酸のチェックはどのように行なうのか?

    A.OD値測定によるRNA量・純度(A260/280)およびBioanalyzer/アガロースゲル電気泳動による品質チェックを行ないます。

  • Q.対応できないサンプルはあるか?

    A.感染性のあるサンプルなどはお受けできません。臨床検体由来の場合には、解析依頼書とは別に「検体内容確認書」(当社フォーム)をご用意いただく必要があります。

  • Q.核酸抽出サービスのみの利用は可能か?

    A.検体数が少数の場合は、遺伝子解析サービスのオプション限定となっています。多数検体の依頼をご希望の場合は当社までご相談ください。

  • Q.遺伝子解析に必要な核酸が調製できなかった場合は?

    A.本サービスは遺伝子解析に必要な核酸の回収を保証するものではありません。解析に必要な核酸が調製できなかった場合は、追加サンプルの送付をお願いすることがあります。また作業回数分の費用が発生します。

  • Q.価格は?

    A.RNA抽出サービス(オプション)の場合、25,000円/サンプル(税抜)にて承っています。

  • Q.納期は?

    A.サンプルをお預かり後、1-2週間です。

データマイニング

  • Q.どのような解析に対応しているのか?
    A.

    標準解析メニューとして3種類をご用意しています。

    1. ①統計解析による発現変動遺伝子の抽出
    2. ②発現変動遺伝子データで階層型クラスタリング解析の実施
    3. ③発現変動遺伝子リストでのGene Ontology解析。

    詳細については、サービス内容をご覧いただく、もしくは当社までお問い合わせください。

  • Q.解析サービスのカスタマイズは可能か?

    A.ご希望の解析内容をお知らせください。ご相談のうえ、対応・価格についてご連絡差し上げます。

  • Q.クラボウサービス以外のデータでも対応可能か?

    A.お手持ちのデータの種類・内容とあわせて、当社までご相談ください。

  • Q.対応可能なアレイデータは?

    A.サーモフィッシャーサイエンティフィック社、アジレント社が販売するマイクロアレイが対応可能です。アレイ種によっては対応できない場合があります。

  • Q.価格は?

    A.1回のご依頼で8万円(税抜)より承ります。複数のデータセット、解析内容をご依頼いただく場合には解析単価がディスカウントされます。詳しくは当社までお問い合わせください。

  • Q.納期は?

    A.標準サービスで約2週間です。

  • Q.解析ソフトは販売可能か?

    A.申し訳ありませんが、弊社では解析ソフトは販売しておりません。