smRNA-Seq解析サービス

特長

small RNAは長さ~200ヌクレオチドのnon-coding RNAの一種です。small RNAの代表格であるmicroRNA(miRNA)はタンパク質合成(翻訳)時の制御において重要な役割を担っており。疾患マーカーとしての有用性が注目されています。
本解析サービスではmiRNAを含むsmall RNAを網羅的に解析します。マイクロアレイでは解析できない新規miRNA候補の検出が可能です。

解析方法

small RNA-Seq解析フロー
small RNA-Seq解析フロー

Total RNAから逆転写反応、PCRにて増幅したcDNAをシーケンシングします。ゲル電気泳動によるサイズ分画によりsmall RNAを含む画分がシーケンス対象となります。シーケンス方法は50bpシングルリードシーケンス、取得リード数は真核生物の場合30-40million readでの解析を推奨しています。
データ解析においては、既知のゲノム配列(リファレンス配列)にマッピングし、各種miRNAコード領域内にマッピングされたリード数をカウントします。

解析結果

miRBaseデータベースに基づいて既知miRNA種のリードカウントをサンプルごとに報告します。また新規miRNA種候補をmiRDeep2で予測します。既知small RNA種(snoRNA、snRNA、rRNA、tRNA)の分類をRfamデータベースに基づいて実施します。これらのデータはエクセルファイルにてご報告いたします。

ご注意

※シーケンス解析のみをご依頼の場合には、FASTQファイルでの納品となります。上記はデータ解析を依頼いただいた場合の結果例です。

必要サンプル条件

Total RNA 3.0μg以上(濃度 100ng/μl以上)

ご注意

※サンプルはヌクレアーゼフリー水に溶解してください

※RNAの定量はQubit Fluorometerなどの蛍光法による測定データをご利用ください。NanoDropなどの吸光度による測定データは過大評価される恐れがあります。

解析費用

解析費用は「ライブラリ調製(サンプル単位)」「シーケンス解析(レーン単位)」、「データ解析(ご希望の場合)」、「ハードディスク(検体数が多い場合)」より構成されます。
お問い合わせフォームよりご希望の生物種、解析検体数、データ解析有無のご希望をお知らせください。

納期

サンプルお預かりより約2か月

ご依頼方法

解析依頼書の確認事項に同意・捺印いただいた上で、ご所属・ご氏名・サンプル情報などの必要事項をご記入いただき、サンプルと合わせてお送りください。

解析依頼書はこちら

サンプル送付方法

サンプルは十分量のドライアイスを同梱し、下記宛先まで冷凍便にてお送りください。

〒572-0823
大阪府寝屋川市下木田町14-5
クラボウ寝屋川テクノセンター3F
クラボウ バイオメディカル部
遺伝子受託解析グループ 宛
TEL 072-820-3093

詳しい送付方法はこちら

※弊社では土日・祝日のサンプル受け取りはできませんので、避けてお送りください。

※サンプルの返却につきましてはお受けできません