データマイニングサービス

特長

遺伝子発現解析データの解析を、専用解析ソフトGeneSpringを用いた受託解析でサポートします。
クラスタリング解析を含む統計解析処理により、膨大な解析データの中からご要望に沿った意味のあるデータを抽出し、お届けします。

サービス内容

サービスは大別して以下の3種類になります。それぞれの内容を組み合わせてご依頼いただくことが可能です。 (③に関しては①とセットでご依頼いただくか、お客様で遺伝子セットをご用意いただく必要があります。)

①発現変動遺伝子の抽出
各サンプルの遺伝子発現プロファイルデータより、発現変動が起こっている遺伝子をリストアップします。N=3以上の群間比較においては、統計解析(T-testあるいはANOVA)を実施して、p値による有意差検定を実施する事ができます。
②クラスタリング解析
各サンプルの遺伝子発現プロファイルデータを、発現レベルの高低によってカラーリングすることでヒートマップを作成します。多検体のデータを一度に俯瞰する際に有用となります。遺伝子発現パターンが類似したデータを近くに配置(クラスタリング)することで、よりデータが見やすくなるようになります。
③Gene Ontology(GO)解析
発現変動遺伝子の機能解析においてよく利用されます。「全ての遺伝子セット」と「リストアップされた遺伝子セット」それぞれにおいて特定のGOを含んでいる遺伝子数の割合を計算します。その割合が「リストアップされた遺伝子セット」において「全遺伝子リスト」よりも大きくなった場合に、遺伝子発現変化がその機能に関与していると推測することができます。

Gene Ontpology(http://geneontology.org/)
「cytokine signaling」「apoptosis」「cell differentiation」など、遺伝子が持つ機能を体系的にまとめたデータベース。各GOには遺伝子が紐づけられており、「Biological Process」「Cellular Component」「Molecular Function」のカテゴリー別に階層管理されている。

解析結果

【発現変動遺伝子の抽出】

発現変動遺伝子抽出 実施例
発現変動遺伝子抽出 実施例

遺伝子発現データ、およびその統計解析結果(N=3以上の場合)をエクセルファイルにて報告します。データファイルには全遺伝子のデータと、p-valueやFold Changeにおけるフィルタリングによって得られた「発現変動遺伝子リスト」のデータから構成されます。遺伝子発現変動の状況によって遺伝子数によるp-valueの多重比較補正値でのフィルタリングを実施します。

【クラスタリング解析】

クラスタリング解析例
クラスタリング解析例

クラスタリング図をHTMLファイルにて報告します。どの場所にどのような遺伝子データが配置されているかを確認するために、図の並び順と同一のデータファイル(エクセル形式)も提供します。

【GeneOntology(GO)解析】

Gene Ontology解析例
Gene Ontology解析例

GOの情報、それぞれの統計解析結果より構成されるエクセルデータを報告します。Gene Ontology情報の詳細についてはエクセルデータ内に設定されたハイパーリンクより入手することができます。

解析費用

2群間(N=3以上)での比較を想定した価格表となります。
検体数・解析群数が多くなる場合は、比較組合せ数(セット数)に応じた価格設定となります。

解析例 発現変動
遺伝子抽出
クラスタリング GO 解析※1 解析費用
(税別)
- - 8万円※2
- - 8万円※2
- - 5万円
15万円
- 10万円
- 10万円

※1 GO解析の実施には、事前に発現変動遺伝子のリストアップが必要です。

※2 複数メニュー、複数セットをご依頼いただく際は、5万円/セットにてお受けします。

※3 仕様外の依頼を頂く場合には追加費用が必要となります。

納期

ご注文より約2週間
(解析セット数が多くなる場合、途中でお客様との打ち合わせが発生する場合などは、納期が変動する場合があります)

ご依頼方法

お問い合わせフォームよりご希望の解析内容についてお知らせください。弊社営業より依頼方法をご案内します。