RNA-Seq解析サービス

特長

既知の遺伝子発現解析だけでなく、マイクロアレイでは解析できない新規転写産物の検出やスプライシングバリアントの検出、融合遺伝子の検出が可能です。
またシーケンス量を大きくすることで、低発現の転写産物の検出が可能になります。

解析方法

RNA-Seq解析フロー
RNA-Seq解析フロー

Total RNAからpolyA RNAを精製、逆転写反応で合成したcDNAをシーケンシングします。
ヒト・マウス・ラットなど哺乳動物を対象にした遺伝子発現解析の場合、シーケンス方法は100bpペアエンドシーケンス、取得リード数は40million readでの解析を推奨しています。
データ解析においては、既知のゲノム配列にマッピングし、遺伝子領域内にマッピングされたリード数をカウントし、遺伝子領域長で補正されたデータ(FPKM値)を遺伝子発現値として算出します。

解析結果

【遺伝子発現解析】

Transcriptome viewer
Transcriptome viewer

各遺伝子、転写産物の発現値(FPKM値)を報告します。解析データは弊社開発の「Transcriptome viewer」にてご覧いただくことができます。Transcriptome Viewerでは統計解析によるサンプル間の遺伝子発現比較、発現変動遺伝子の抽出(フィルタリング)、データのグラフ化・可視化(散布図、クラスタリング)などが利用可能で、シーケンス解析後の2次解析をスムーズに進めることができます。

【新規転写産物の検出】

新規転写産物解析例
新規転写産物解析例

マッピングされた染色体の位置情報(染色体番号、塩基番号)、遺伝子コード方向(フォワード鎖/リバース鎖)、発現値(FPKM値)をエクセルファイルにて報告します。

【スプライシングバリアントの検出】

スプライスバリアント解析例
スプライスバリアント解析例

バリアントを検出した遺伝子の情報(遺伝子名、データベースID、染色体位置)、バリアントに関する情報(エクソン数、エクソン開始・終止場所)、発現値(FPKM値)をエクセルファイルにて報告します。

【融合遺伝子の検出(ヒトのみ)】

融合遺伝子解析例
融合遺伝子解析例

検出した融合遺伝子の情報(塩基配列数、塩基配列情報)、由来となる各遺伝子の情報(遺伝子名、データベースID、染色体位置、遺伝子コード方向、染色体開裂場所)、融合遺伝子が起こっている確率をエクセルファイルにて報告します。

ご注意

※シーケンス解析のみをご依頼の場合には、FASTQファイルでの納品となります。上記はデータ解析を依頼いただいた場合の結果例です。

必要サンプル条件

Total RNA 3.0μg以上(濃度 100ng/μl以上)
RIN 7以上、rRNAピーク比 1以上

ご注意

※品質 RIN 7以上、rRNAピーク比 1以上

※サンプルはヌクレアーゼフリー水に溶解してください

※RNAの定量はQubit Fluorometerなどの蛍光法による測定データをご利用ください。NanoDropなどの吸光度による測定データは過大評価される恐れがあります。

解析費用

解析費用は「ライブラリ調製~シーケンス解析」、「データ解析(ご希望の場合)」、「ハードディスク(検体数が多い場合)」より構成されます。
お問い合わせフォームよりご希望の生物種、解析検体数、データ解析有無のご希望をお知らせください。

納期

サンプルお預かりより約2か月

ご依頼方法

解析依頼書の確認事項に同意・捺印いただいた上で、ご所属・ご氏名・サンプル情報などの必要事項をご記入いただき、サンプルと合わせてお送りください。

解析依頼書はこちら

サンプル送付方法

サンプルは十分量のドライアイスを同梱し、下記宛先まで冷凍便にてお送りください。

〒572-0823
大阪府寝屋川市下木田町14-5
クラボウ寝屋川テクノセンター3F
クラボウ バイオメディカル部
遺伝子受託解析グループ 宛
TEL 072-820-3093

詳しい送付方法はこちら

※弊社では土日・祝日のサンプル受け取りはできませんので、避けてお送りください。

※サンプルの返却につきましてはお受けできません